/bbs/list.php 에서 아래의 부분을

if ($sca || $stx)
{
    $sql = " select distinct wr_parent from $write_table where $sql_search $sql_order limit $from_record, $board[bo_page_rows] ";
}
else
{
    $sql = " select * from $write_table where wr_is_comment = 0 $sql_order limit $from_record, $board[bo_page_rows] ";
}
$result = sql_query($sql);

// 년도 2자리
$today2 = $g4[time_ymd];

$list = array();
$i = 0;

if (!$sca && !$stx)
{
    $arr_notice = split("\n", trim($board[bo_notice]));
    for ($k=0; $k<count($arr_notice); $k++)
    {
        $row = sql_fetch(" select * from $write_table where wr_id = '$arr_notice[$k]' ");
        if (!$row[wr_id])
            continue;

        $list[$i] = get_list($row, $board, $board_skin_path, $board[bo_subject_len]);
        $list[$i][is_notice] = true;

        $i++;
    }
}


///////////////////////////////////////////////////////////////////
아래와 같이 수정하시면 됩니다.

$list = array();
$i = 0;

if (!$sca && !$stx)
{
    $arr_notice = split("\n", trim($board[bo_notice]));
    for ($k=0 , $ck = count($arr_notice); $k < $ck; $k++)
    {
        $row = sql_fetch(" select * from $write_table where wr_id = '$arr_notice[$k]' ");
        if (!$row[wr_id])
            continue;

        $list[$i] = get_list($row, $board, $board_skin_path, $board[bo_subject_len]);
        $list[$i][is_notice] = true;

        $notice_order .= " and wr_id != '$arr_notice[$k]'";

        $i++;
    }
}

// if(!$board[bo_1]) $notice_order = ''; //게시판 설정에서 공지 재출력 유무를 조정할 경우

if ($sca || $stx)
{
    $sql = " select distinct wr_parent from $write_table where $sql_search $sql_order limit $from_record, $board[bo_page_rows] ";
}
else
{
    $sql = " select * from $write_table where wr_is_comment = 0 $notice_order $sql_order limit $from_record, $board[bo_page_rows] ";
}
$result = sql_query($sql);

// 년도 2자리
$today2 = $g4[time_ymd];


활용팁에 kail님께서 올려놓으신 내용입니다.
저도 이대로 변경하니 잘 적용되더군요.

공지 체크 두개가 생성될때, 하나만 나오게 하는 방법