위스킨의 view_comment.skin.php는 소스를 못봐서 어떤부분인지 말씀드릴수가 없구요.

그누보드 4.09.02 버전의 basic 스킨에서 view_comment.skin.php 부분을 예로 말씀드린다면
아래 소스중 다음 부분입니다. <td>와 </td> 사이에서 코멘트 리플 갯수마다  &nbsp; 를 5개씩 추가하도록 되어있군요.
<td><? for ($k=0; $k<strlen($list[$i][wr_comment_reply]); $k++) echo "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;"; ?></td>


<!-- 코멘트 리스트 -->
<?
for ($i=0; $i<count($list); $i++) {
    $comment_id = $list[$i][wr_id];
?>
<a name="c_<?=$comment_id?>"></a>
<table width=100% cellpadding=0 cellspacing=0>
<tr>
    <td><? for ($k=0; $k<strlen($list[$i][wr_comment_reply]); $k++) echo "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;"; ?></td>
    <td width='100%'>
        <table width=100% cellpadding=0 cellspacing=0>
        <tr>
            <!-- 이름, 아이피 -->

이소스는 리플이 한단계 들어갈때마다 &nbsp; 가 5개씩 추가되도록 되어있습니다.
<? for ($k=0; $k<strlen($list[$i][wr_comment_reply]); $k++) echo "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;"; ?>

깊이가 원하는만큼 팍팍늘어나지 않는다면 &nbsp;의 갯수를 상향조정해보시기 바랍니다