소스보기로 살짝 파악한결과...
이하 검색 스크립트
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  <script language="JavaScript">
    function fsearchbox_submit(f)
    {
        if (f.stx.value == '')
        {
            alert("검색어를 입력하세요.");
            f.stx.select();
            f.stx.focus();
            return;
        }

        // 검색에 많은 부하가 걸리는 경우 이 주석을 제거하세요.
        var cnt = 0;
        for (var i=0; i<f.stx.value.length; i++)
        {
            if (f.stx.value.charAt(i) == ' ')
                cnt++;
        }

        if (cnt > 1)
        {
            alert("빠른 검색을 위하여 검색어에 공백은 한개만 입력할 수 있습니다.");
            f.stx.select();
            f.stx.focus();
            return;
        }

        f.action = "./bbs/search.php";
        f.submit();
    }
    </script>
</td>
</tr>
</table>
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가 head.php와 또는 index.php에 세번 중복되어 있습니다...html 테이블 문제일듯...
덧붙여 말씀드리면...
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<!-- 메인화면 최신글 끝 -->

<p style="line-height:100%; margin-top:0; margin-bottom:0;">
</td></tr></table>
</p>
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요부분도 간격발생의 원인 아닐런지...