제가 삽질한게 맞나요?? ㅠㅠ
아래는 말씀하신 카운트 부분까지 넣어본 것으로 제가올린 마지막 스킨을 수정한 것입니다.

필요한 부분만 참조하세요.

//게시판이고 분류사용 체크되있으며 분류내용 있는 경우
if (($bbs['bo_table'] == $bo_table) && (($bbs['bo_use_category'] == "1") && ($category))){

  ?><div id='bcRFV_sub'>

  <div style="width:<?=$bo_width?>%; border:0px solid white;"><?

  //분류
  $cntc = 1;
  foreach( $bbs['sca'] as $category){
    //bo_new에서 지정한 시간내 분류별 원글 및 코멘트 새글 카운트 by nasca, izen님 빠른쿼리로 보강
   
    //새 원글
    $sql2_new = mysql_query(" select count(wr_datetime) as wr_datetime from $tmp_write_table where wr_is_comment = '0' and wr_datetime >= '$intime' and ca_name = '$category'");
    $row2_new = mysql_fetch_array($sql2_new);
   
    //새 코멘트
    $sql2_cm_new = mysql_query(" select count(wr_datetime) as wr_datetime from $tmp_write_table where wr_is_comment <> '0' and wr_datetime >= '$intime' and ca_name = '$category'");
    $row2_cm_new = mysql_fetch_array($sql2_cm_new);
   
    //분류별 원글갯수
    $sql2_ca_total = mysql_query(" select count(ca_name) as ca_name from $tmp_write_table where wr_is_comment = '0' and ca_name = '$category'");
    $row2_ca_total = mysql_fetch_array($sql2_ca_total);

    //세어봄
    $cn_count = $row2_new['wr_datetime'];
    $cn_countc = $row2_cm_new['wr_datetime'];
    $ca_count = $row2_ca_total['ca_name'];

    //새 원글, 새 코멘트가 있을때만 보여줘~~
    $cn_count = ($cn_count > 0)?"<span class='new'>".$cn_count."</span>/":'';
    $cn_countc = ($cn_countc > 0)?"<span class='new'>".$cn_countc."</span>/":'';
    //분류별 새글 및 전체글 표시
    $new2 = "<span class=''>(".$cn_count.$cn_countc.$ca_count.")</span>";

    //링크에서 한글로된 카데고리 이름을 urlencode시킴
    $sca_url = urlencode($category);

    $ca_subject = cut_str(get_text($category),10,"") . $new2;

    ?><span style="width:<?=$ca_width?>%;padding:2 0 3 2;"><a href='<?=$g4['bbs_path']?>/board.php?bo_table=<?=$bbs['bo_table']?>&sca=<?=$sca_url?>' class="subLink <?=($category == $sca)?'sub_pos':'';/*해당분류*/?>" onfocus='this.blur()'><?=$bar?><?=$ca_subject?></a></span><?

    if ($cntc == $cols){
      $cntc = 0;
      ?></div><div style="width:<?=$bo_width?>%; border:0px solid red;"><?
    }

    $cntc++;
       
  }//foreach category
  ?></div></div><?
}//if

질문내용 모두를 아래코드로 바꿔주고 테스트해보세요.
제가좀 바빠서 테스트는 못해봤습니다.

//해당 게시판만 분류 추출
if ($row[bo_table] == $bo_table) {
  $sql2 = " select bo_category_list from $g4[board_table] where bo_table = '$row[bo_table]' order by bo_table ";
  $row2 = sql_fetch($sql2);
  $category[$j] = explode("|", $row2['bo_category_list']);

  for ($j=0; $j<count($category[$j]); $j++) {

    //새글
    $sql2_new = mysql_query(" select count(wr_datetime) as wr_datetime from $tmp_write_table where wr_is_comment = '0' and wr_datetime >= '$new_time' and ca_name = '$category[$j]'");
    $row2_new = mysql_fetch_array($sql2_new);
    //새코멘트
    $sql2_cm_new = mysql_query(" select count(wr_datetime) as wr_datetime from $tmp_write_table where wr_is_comment <> '0' and wr_datetime >= '$new_time' and ca_name = '$category[$j]'");
    $row2_cm_new = mysql_fetch_array($sql2_cm_new);
    //분류별 게시물 갯수
    $sql2_ca_total = mysql_query(" select count(ca_name) as ca_name from $tmp_write_table where wr_is_comment = '0' and ca_name = '$category[$j]'");
    $row2_ca_total = mysql_fetch_array($sql2_ca_total);

    //세어봄
    $cn_count = $row2_new['wr_datetime'];
    $cn_countc = $row2_cm_new['wr_datetime'];
    $ca_count = $row2_ca_total['ca_name'];
    //보이기
    $cn_count = ($cn_count > 0)?"<span class='new'>".$cn_count."</span>/":'';//새글 있을때 스타일줘서 보여주고 없을때 아무것도 안보여줌 ..
    $cn_countc = ($cn_countc > 0)?"<span class='new'>".$cn_countc."</span>/":'';//새코멘트 상동..
    //분류별 새글 및 전체글 표시
    $new2 = ($ca_count > 0)?"<span class=''>(".$cn_count.$cn_countc.$ca_count.")</span>":'';//분류에 속한 게시물이 있을때만 갯수 보여줌 ..
    //예)) 해당분류에 새글1, 새코멘트2, 분류전체 게시물10개 라면 (1/2/10) 처럼 표시됨(class='new'스타일은 새글숫자에 적용됨)

    if ($category[$j]) {
 
      $ca_name = cut_str($category[$j], 14);//분류제목을 자르고..
      $ca_name = ($category[$j] == $sca)?"<span class='nav_menu_category'>".$ca_name."</span>":$ca_name;//해당분류일때만 스타일..
      $sca_url = urlencode($category[$j]);//

      ?><a href="<?=$g4['bbs_path']?>/board.php?bo_table=<?=$bo_table?>&sca=<?=$sca_url?>"><?=$ca_name?></a><?=$new2?>

아무래도 수정된 전체코드를 올려주셔야 파악이 될듯 합니다.
참고로 아래 링크의 메뉴가 질문하신 메뉴보다 좀더 최적화된 메뉴입니다.
질문하신 카운트 관련 내용은 코멘트에 덧붙여놓았으니 참조하셔서 응용하시기 바랍니다.
http://gnusr.com/g4/bbs/board.php?bo_table=skin&wr_id=42

http://gnusr.com 왼쪽메뉴가 코멘트에 수정된 내용까지 적용된 것입니다.

새글카운터 공부좀 해야 겠네요