테스트 페이지가 없서서 모르겠으나
생각할 수 있는 것은 버퍼링 문제 일 수 있으며(이건 아닌 둣하고)
파일 다운로드에 있는 링크 문제 일 수 있습니다.
링크후 이루어지는 페이지 이동에 관한 것일 수 있습니다.
혹 메인에서 제어를 하는 방식이란 그럴 수 있습니다.
혹 제어문이 있다면 그쪽을 의심해봐야 할 둣하네요

그나마 알려면 테스트 페이지라도 있어야 알 수 있겠네요.

참고로 상태 표시줄 관련 중복 소스를 좀 정리하시는 것이 좋을 듯하네여.
아쿠아 엠프의 내용과 겹쳐나와서 보기가  좀 안 좋네요.
플래시 제어와 미디어 제어는 그누보드 common.php에 있는 것을 활용하면 자원 낭비를 좀 줄이지 않겠나 싶습니다.