가장 많이 손보는것 하나 말씀드린다면
초기화면에서 보통 최신글들 처리하고 해서 초기화면 처리시에 db 조회가 많이 들어갑니다.
사용자들이 필요하건 필하지 않건 클릭될때 마다 실행되므로 동시접속자가 많을경우 많은 부하를줍니다.

그래서 위의 부하를 줄이기 위해서 index.html이나 index.php를 순수 html로 만들어서 사용하는 방법을 많이 이용합니다.
일정간격으로 index를 갱신해야하므로 cron 같은 곳에 프로그램을 등록해서 index를 만들도록 처리하죠.

참고로 현재 그누보드도 이와 같은 룰을 적용하고 있는것으로 알고있습니다 ^^


그리고 팁란에 예전에 이와 같은 처리의 팁이 올라왔던것 같은데 어디있는지 ...
아.. 플록님께서 올리신 팁이 스크랩에 있었군요.

그누보드4 : 팁(tip) > 쿼리없는 빠른 인덱스 페이지 만들기 - fsockopen
http://www.sir.co.kr/bbs/board.php?bo_table=g4_tiptech&wr_id=1679

위의 예는 보통의 사이트에도 적용가능한 팁입니다.
그리고 다음의 경우는 특정 프로그램을 개선한것인데...
아래링크 화면에서 첫번째에 있는 링크 가보시면 개선전의 속도와 개선후의 속도를 비교해보실수있습니다.
현재는 테스트 사이트의 건수가 적어서 많은 차이를 느낄수없을지 모르겠지만 건수가 많아지면 많아질수록 그 속도 차이를 느낄수 있는 하나의 예라고 생각하시면 되겠습니다.

그누보드3 : 팁(tip) > 만도님의 "그룹별 최신글" 조회속도개선
http://www.sir.co.kr/bbs/board.php?bo_table=g3_tiptech&wr_id=4041

현재 xidae2009님께서 운영중이신 사이트의 프로그램들의 로직이 어떻게 되어있는지 알아야 개선의 여지를 파악할수있습니다.
그러므로 이것은 사이트 운영자의 몫으로 봐야 할듯합니다.

xidae2009님께서 말씀하신 정보들로는 더이상의 진행이 어렵습니다.
사이트가 어딘지도 모르고 구성이 어떻게 되어있는지도 모르는 상황에서
더이상의 추측성 튜닝은 의미가 없을듯 합니다.

mysql쪽이라면 위에서 rolo님께서 말씀하신 부분을 다시한번 점검해보시기 바랍니다.

mysql이라면 어떤 query 때문인지 찾아 내야 하는데
그게 지금은 어렵겠네요.