제 친구도 이런 문제가 발생하여 레이어가 셀렉트 와 겹쳐지면 셀렉트를 숨겨버리도록 했답니다..
레이어를 보니 셀렉트 뒤로 가더라구요.. div name를 사용해서 한번 해보심이..^^

이건 스크립트 자체 버그라고 할수 밖에 없는 겁니다. 방법은 select를 hidden하는 수밖에 없습니다.

js/sideview.js 안에
 function selectBoxHidden(layer_id) 와  selectBoxVisible()
요것이 있는 걸로 알고 있는데요

그걸 보시면 쉽게 이해 하실 듯.

<script language="javascript" src="<?=$g4['path']?>/js/sideview.js"></script>

테이블 태그 같은 곳에 포함 : onpropertychange="selectBoxHidden(레이어의 id);"
onmouseover=\"show('$row[gr_id]')\" 여기에 추가 하면 될듯.

레이어가 없어지도록 하는 스크립트에 포함 : selectBoxVisible();
onmouseout 여기에 추가하면 될듯.

select와 form 태그안에 반드시 id name이 지정되어 있어야 함.

아.. 참고로 http://ppoint.korea.co.kr 여기서도 메뉴를 쓰고 있죠. 엠파스 검색 select가 있는데
그건 iframe으고 가지고 쓴건데도 없애게끔 한겁니다. 필요하시면 마우스 오른쪽 소스보기로 보세요 -_-;