간단하게는 구현이 어려울꺼같네요 Ajax나 액티브x를 이용하는게 가장 현명하면서도 깔끔한 방법이겠습니다만 둘다 만만한 방법은 아닙니다..;;;;
어떤것때문에 그러시는지 자세한 설명을 곁들이시면 우회를하든 꼼수를 부리든 조언을 해드리겠습니다.

너무 어렵게들 생각하시는건 아닌지요.
자바스크립트에
특정 주기로 실행하게 할 수 있잖아요.
그걸로 숫자를 카운트 하고 쿠키에 넣어줍니다. 너무 주기가 잦으면 별로겠죠?
그리고 다음페이지는 쿠키에서 여태 카운트 한 숫자를 읽어와서 다시 계속 하시면 될듯합니다.
아작스까지 안가더라도 뭐 -ㅂ-
물론 정확하게 딱 30분후에 띄운다 뭐 이러면 어렵겠죠 오차가 심각할테니
약 30분이다 이러면 할만할듯 하네요 ㅎㅎ;
게다가 브라우저 껐다가 다시 켜도 카운트는 계속될테니 (사악함)

헐 귀찮은데 ㅠㅠ
대략적으로 완벽하진 않지만 써보겠습니다.


<script language="javascript">
var tmpcount= get_cookie("openCount");
var openCount = tmpcount?tmpcount:0; //쿠키에서 얻어옵니다. 없으면 0부터 세야 될듯;
var popupCount=60;//팝업될 카운트 입니다.
var countDelay=30000;//실행될 주기겠지요 주기 곱하기 카운트 하면 팝업시간이 나오겠네요.
var result;

function popup_open_check(){
openCount++;
 set_cookie("openCount",openCount,1,g4_cookie_domain);//제대로 쓰시려면 config.php에서 쿠키 도메인을 셋팅해 주셔야 해요;
 if(openCount>=popupCount){

  //팝업소스
 }
//자 이제 setInterval을 쓰실껀지 setTimeOut을 쓰실껀지 결정해야 되는데 저는 setTimeout을 쓰겠심다.
 window.setTimeout("popup_open_check()",countDelay);
}

popup_open_check();
</script>

즉흥적으로 짜설 잘 되려나 모르겠네요.
그리고 이건 그누보드 안에서만 통합니다. common.js가 있어야돌아갈꺼예요.set_cookie함수때문에
그거 없는 페이지는 따로 한줄로 얻어지는 document.cookie를 가공해 주셔야 합니다.
더하기: 제일 중요한 카운트 증가가 빠졌었네요죄송합니다 ㅠㅠ