그누가 제로보드보다 특별히 더 느릴 이유는 없어보이는데..
스킨의 문제일수도 있고..
혹은 코멘트가 많이 달려있다거나..
뭐 무슨 이유가 있을까요.

구체적인 결과 좀 공개해 주실수 있을까요?

기능이 많을 수록 늦어집니다만..
일단은
admin--> 기본환경설정 최적화
admin -->게시판관리-->글쓴이 사이드뷰 (글쓴이 클릭시 나오는 레이어 메뉴)
를 체크 해제 등...

그다음...
board.php 에서 접근하는
head.php
head.sub.php
lib/common.lib.php
bbs/list.php
skin/??/list.skin.php 순으로 필요한 부분만 골라내시고
(select * 보다는 select wr_id,wr_name 등 제로스타일로.. 길게... )
튜닝.

원래 그누보드에 작성된 원 게시물과
컨버팅된 게시물은 접근 속도에서 차이가 있다는 접입니다.
서로 필드의 타입이 다른 속성으로 생성되었기 때문에
제로필드를 가지고 왔다고 해도(그렇다고 안가지고 올수도 없죠)
없는 필드(빈)는 비게 마련인데
mysql은 빈값을 공백인지 is not NULL 인지 라디오박스라면  not 0 인지
고민을 하게 되기 때문입니다.

auto_increment 로 글번호가 증가되는 방법은 같습니다만
무한대의 파일을 업로드하기에 파일의 정보테이블을 찾게되고
리스트에서는 파일을 첨부했다 안했다를 표시하기 위해
for로 돌리는데 그대신
제로는 4.x대까지 간단하게 2개로 제약이 있었을 겁니다. 기억이 가물...
또한 여분필드 10개가 편의를 위해서 제공되는데
이 길이도 만만치 않다는 겁니다.

그리고
어떤 테이블이든 350000 개를 전부 읽어 들인다는 자체도 사실은 낭비 입니다.
limit 0,8000; 개만 읽어들여 여러가지 좋은 기능도 쓰면서
php 에서 제공하는 sort(ksort,rsort...) 의 정확도를 높이시는 것도..
방법..아닐까요?ㅡㅡㅋ

DB에 인덱스가 잘 잡혀 있지 않다면
이렇게 느린 것은 당연하다고 볼 수 있습니다.

최근 버젼으로 다시 설치해 보시라고 권하고 싶군요.

기본적인 사항이지만
DB에서 리스트 20개 정도 가져오는 것은
게시물 수가 만 개든, 억 개든지 상관 없습니다.

다만 20개를 가져 오기 위해서 35만개를 다 뒤져야 한다면 문제가 됩니다.
이 때문에 인덱스가 잘 되어 있으야 한다는 거죠.

우선은 그누 보드가 사용하는 query를 모아서
바로 DB에 접속해서 테스트를 해 보세요.