미니필게시판에서 사용하는 DB는 정해져(my_bbs)있고 나머지 설정들이 거기에 맞게 셋팅되어있는듯하네요.

사용하고자 하는 게시판 스킨을 여러개 넣어놓고 선택해서 사용하고자 하려면
소스 여러곳을 손봐야 될 듯하고.. (환경에서 기본스킨외 다른스킨 선택하는 부분을 새로 만들어 넣어야되고요..공사가 커지겠네요)

기존의 기본게시판을 아예 교체하시겠다 하면(이걸 묻는듯 하신데..)

미니필스킨
skin/board/원래폴더_old  <- 기존꺼는 이름을 바꾸고
skin/board/원래폴더 <- 이곳에 사용하실 게시판스킨을 넣어주시면 될 듯 합니다.

* write.update.skin.php 등 기존스킨에서 업데이트 시키는게 있으면 카피해서 새폴더에 넣으시구요.
없으면 놔두시구요