저하고 같은 이유인거 같네요.
파일들을 살펴보세요.
파일의 내용이 바뀌어져 있는 곳들이 있을거에요.

해당호스팅 서버에서 os자동업데이트가 있었다면 호환환경이 틀려져 느려질수도 있습니다.(실제경험)
테스트 페이지 (단순페이지, 프로그램돌릴만한 페이지, dB처리페이지 등 몇개 테스트 페이지 만들어 놓고 테스트해보심이....

[참고]
웹사이트속도 분석툴을 이용해서 한번 살펴보세요
아래사이트는 페이지분석을 해줍니다.
http://www.websiteoptimization.com/services/analyze/

아래사이트는 세계도시에서 님홈페이지 접속하는 시간통계를 보여줍니다
http://internetsupervision.com/

혹 메인페이지에서 돌리는 프로그램이 여러개일 경우에도 속도가 느려질수도 있습니다.
저같은 경우는 페이지 열릴때마다 DB검색해서 뿌려지는 화면이 있는 곳에는
파싱해놓고 일주일에 한번정도 새로 파일을 업데이트 시켜 놓는답니다.

telnet 모드에서

wget -O "index.html" "http://자신의홈페이지.com/index.php" -q

index.php파일값을 index.html로 만들어 놓는것이죠.
서버에서 읽는 순서는 html > htm > php ,php3....  <- 요렇게 되어있으니 먼저 읽어주는건 html파일이겠죠...

단, 주의해야 할 사항은
탑화면에서 랜덤하게  돈받고 돌리는 광고가 있다거나 신속히 최신글을 뽑아놔야 한다거나 하는경우는
html파일에서 랜덤광고 부분만 손봐주면 되겠네요.

이렇게 처리해야 할 파일들이 많이 있을경우 sh파일로 만들어 놓고 새벽에 한번씩 구동되게 해 놓으셔도 되구요.
저는 이렇게 해놨답니다.

mk_file.sh 파일을 만들어놓고

----------  파일시작
#!/bin/sh

#백업파일과 백업패스설정
make_path="/home/www/house/search/"

LIST="mount ski island temp velly wood spring river play town sea"

for value in $LIST
do
wget -O $make_path$value"_index.html" "http://www.홈경로/search/index.php?search_theme="$value -q

done
wget -O $make_path"christ_index.html" "http://www.홈경로/search/christ_index.php" -q
----------  파일끝

또, 느려지는 현상에 해결을 했는데
아직까지 정확한 이유를 모르는게 있는데

관리해주던 홈페이지였는데요...
잘돌아가던 홈페이지가 2초, 3초, 4초...  멍~~ 하게 있다가 확 뜨곤했었죠

자체서버에서 구축한 홈이라서 다른 업체들과 비교해도 아무문제가 없었습니다.
뭐가 문제인가 살펴봤더니
쿠키값이 달라붙으면서 꼬이는거  같더라구요.
아무튼 해결은 했었는데
방법은 아주 간단했었습니다.

해결방법
1. index.php 파일백업받고 서버에서 삭제
2. 링크된 image 지들 백업받고 서버에서 삭제
3. 테스트 index.php 파일 올려놓고 속도측정 (내용은 아무거나 올려 놓고)
3. 링크된 image 파일명 바꾸고 index 수정해서 서버에 업로드
4. 서버에 이미지 업로드

이렇게 해놓으니까 속도가 원상복구 되었던 기억이 있습니다.
로딩속도 테스트 하는 소스는 아래 있습니다. 테스트 index.php에 넣어서 돌려보세요

---소스시작

<?
function pageTime($page) {
$mstart = explode(" ", $m);
$mend = explode(" ", microtime());
$mtime = ($mend[1] - $mstart[1]) + ($mend[0] - $mstart[0]); 
print("Loading : " );
echo " $m[0]  $mend[0]";
}
pageTime(basename($PHP_SELF));
?>
-- 소스끝